이듬해 임진왜란이 일어나자 옥포(玉浦)에서 적선 30여 척을 격파하고 이어 사천(泗川)에서 거북선을 처음 사용, 적선 13척을 분쇄한 것을 비롯하여 당포(唐浦)에서 20척, 당항포(唐項浦)에서 100여 척을 각각 격파하여, 자헌대부(資憲大夫)에 승품(陞品)되고 7월 한산도(閑山島)에서 적선 70척을 무찔러 한산도대첩(閑山島大捷)의 큰 무공을 세웠다. 이어 정헌대부(正憲大夫)에 오르고 다시 가토 요시아키[加嘉明]의 수군을 안골포(安骨浦:창원군 웅천면)에서 격파하고 9월 적군의 근거지 부산에 쳐들어가 100여 척을 부수었다.
한산도에서 전라남도 여수를 잇는 뱃길은 예로부터 한국에서 가장 아름답다는 한려수도로, 현재는 한려해상국립공원으로 지정되어 있다. 또한 임진왜란 때 삼도수군통제사가 있던 통제영이 설치되어 조선 수군의 근거지였으며, 이순신장군의 최대 전승지인 한산대첩이 치러졌던 유서 깊은 곳으로 특히 유명하다. 제승당·충무사·한산정 등 이순신과 관계된 문화재가 있으며, 일대의 이충무공 유적이 사적 제113호로 지정되어 있다. 한산도는 이들 전승유적지와 온화한 기후, 수려한 자연경관 등이 조화된 우리나라 제일의 해상관광지역의 중심지로 발달하고 있다. 통영항에서 정기여객선이 운항된다. 면적 14.79㎢, 해안선 길이 30km, 인구 1,417, 가구 610(2004).